此时此刻，长门和他的父母，还有小晴的命运，都在志村团藏的一念之间。
团藏他真的会信守承诺，放过他们四人吗？
“杀了他们，不要留下活口。”
答案是否定的，在得到轮回眼之后，团藏的第一反应就是让知道这件事情的人永远消失，以防泄密。
根组织的忍者都被团藏的秘术所控制，团藏并不担心他们泄密，但是长门这四人就没有继续留下活口的必要了。
“你答应我的，会放了我的父母！”
气愤的长门想要起身反抗，却因为身体虚弱且失去了眼睛，刚刚站立了一半，身体便忽然一软，倒了下去。
“真是天真的小鬼，现在我欺骗了你，你又能够奈我何呢？”
团藏上前两步，居高临下的看着地面上狼狈不堪的长门，心中充满了不屑一顾。
“你…….”
长门再次起身想要反抗，却根本提不上力气，再次跌倒下去。
“哼，你这样的废物，根本没有资格和我讨价还价。”
看着瘫软在地上无能为力的长门，团藏失去了兴趣。在将现场的事务交代完毕后，便先行离去了。
“杀了他们。”
一名领头的根组织忍者发号施令，现场的其余根组织忍者便准备动手。
“噗、噗！”
率先遭到杀戮的，就是长门的父母。
两名根组织忍者分别用苦无插进了两人的咽喉处，鲜血不断地从伤口处涌出，长门的父母伸出双手想要将喉部的伤口捂住，却发现根本做不到，只能徒劳地胡乱尝试着。
“啊啊啊啊！”
看见这一幕的小晴再次尖叫起来。
长门虽然因为失去了双眼，无法看到这一切。但是凭借着他敏锐的感知，很快便察觉到了这一切。
“父亲、母亲，不！”
就在长门痛苦的哀嚎声中，一名根组织忍者出手杀掉了小晴，一把苦无插在她的额头上，锋利的苦无瞬间便贯穿了小晴的大脑组织，却是没有给她造成任何的痛苦。
这下，就只剩下长门一个活口。
“失去了价值的废物，你应该荣幸自己能够为团藏大人做出贡献。”
那名刚刚解决了小晴的根组织忍者，转身来到长门的身前，面无表情地说道。
“那么，你就安心的去死吧。”
一柄同样普通的苦无插入到了长门的左胸口处，将长门的心脏贯穿，终结了长门的生命。
“为、为什么……究竟为、为什么？我明明那么努力了，为何还保护不了我的父亲、母亲……”
长门并不怕死，他害怕的是，即使重来一次，他仍旧无法保护好自己的父母免遭杀戮。
“我不甘心，我恨啊！”
在原剧情中，长门被鸣人的嘴遁所说服，心甘情愿地牺牲了自己赴死。
但是这一刻，长门是带着无比强烈的怨恨死去。
在彻底失去意识之前，长门的脑海中回放着过去的点点滴滴。
长门的早年经历十分坎坷，宇智波斑为了实行月之眼计划，将轮回眼移植到千手一族的远亲漩涡一族的后裔——长门身上，希望日后长门能用外道·轮回天生之术复活自己，而长门从此拥有了轮回眼。
宇智波斑死后，宇智波带土（面具男“阿飞”）按照宇智波斑的吩咐和绝找到三人，自称“斑”，试图拉拢长门，但被弥彦阻止。弥彦死后，长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人之间是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向和平。晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由S级叛忍组成的邪恶组织。
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己在第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了三个佩恩。但因之后不了解佩恩六道的能力，所以最终被佩恩六道打败而牺牲。但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为傀儡忍者，受长门操控）。
佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。期间与卡卡西交战，并杀死了卡卡西，在用人间道得知了鸣人在妙木山后，控制天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人后力竭而亡。
第四次忍界大战时期，长门被药师兜用秽土转生复活，并与宇智波鼬一起行动。后被兜控制与鸣人和奇拉比战斗。失去意识的长门，缺乏自主机动性。在吸收奇拉比的八尾查克拉后身体恢复了原来年轻的状态，但由于腿上的伤，依然无法自如行动，兜便以通灵兽的轮回共享视野弥补这一缺点，相继捕获鸣人与奇拉比，两人危在旦夕。但最终却因中了别天神而脱离兜控制、隐蔽起来的宇智波鼬从死角射出苦无破坏共享视觉共享而失手。之后长门使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱点并引导鸣人与奇拉比一起合力使用最强远程攻击忍术破解了地爆天星，随即长门被宇智波鼬的十拳剑所封印。
在临死之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分认同师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；对自己的第二部作品给予了一般评价；并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。最后，长门带着希望，含笑而逝。
画面回到现实当中。