却说晋安帝司马德宗面加奖赏刘裕，仍然申请之前诏命，授刘裕为太傅扬州牧，加羽葆鼓吹二十人。
而刘裕只领受羽葆鼓吹，其余之赏仍然固辞。还要作伪？于是晋安帝司马德宗另外加封刘裕的次子刘义真为桂阳县公。一门炟赫，父子同荣，不消细说。
是时，始平声公司马休之子司马文思，入继谯王，《宋书》中则谓系司马休之兄子（兄长之子）。司马文思性情暴悍，滥结党徒，素来为刘裕所嫉恨鄙视。司马文思又捶杀都中小吏，由有司向朝廷上奏章弹劾，有诏诛杀司马文思党羽，贷司马文思死罪。
司马休之在江陵闻悉，奉表谢罪。刘裕饬令将司马文思执拿送往江陵，令司马休之自加处治。
司马休之但上表废司马文思，并寄以刘裕书信，陈谢中寓，讥讽之意。刘裕由是不悦，使江州刺史孟怀玉，兼督豫州六郡，监制司马休之。
越年，义熙十一年（415）正月，刘裕又收司马休之次子司马文质，其从子司马文祖（兄长之子），立皆赐死。自领荆州刺史，出发讨伐司马休之。留弟中军将军刘道怜，掌管府事，刘穆之为副。事无大小，皆取决于刘穆之。遂率领大军出都，泝江直上。
辛巳日，太尉刘裕从建康出发。雍州刺史鲁宗之自疑不为太尉刘裕所容，与其子竟陵太守鲁轨起兵响应司马休之。
二月，司马休之上表罪状刘裕，整兵布阵准备拒敌。又派出使者兵分两路火速前往后秦、北魏乞援兵。后秦接见来使后，同意了出兵并派征虏将军姚成王及司马国璠引兵前去援助，北魏则遣长孙嵩领兵前往，并联合雍州刺史鲁宗之，及鲁宗之子竟陵太守鲁轨，抵御刘裕军队。
与此同时，刘裕为了招揽司马休之的治中韩延之，派人秘密给他送去一纸劝降书，信中说：“文思事意，远近所知。去秋遣康之送还司马君者，推至公之极也。而了无愧心，久绝表疏，此是天地所不容。吾受命西征，止其父子而已。彼土侨旧，为之驱逼，一无所问。往年郗僧施、谢劭、任集之等交构积岁，专为刘毅规谋，所以至此。今卿诸人一时逼迫，本无纤衅。吾虚怀期物，自有由来，今在近路，是诸贤济身之日。若大军相临，交锋接刃，兰艾杂揉，或恐不分。故白此意，并可示同怀诸人。”
韩延之言辞决绝，回信中斥责刘裕“甘言诧方伯，袭之以轻兵”“良可耻”，刘裕看到该信，很是慨叹。
于是刘裕使参军檀道济、朱超石，率步骑出襄阳，又檄江夏太守刘虔之，聚粮以待。
檀道济等未曾得粮，刘虔之已经被鲁轨攻击而死。刘裕再使女夫振威将军徐逵之，偕参军蒯恩、王允之、沈渊子等，出发到江夏口，与鲁轨对垒。
鲁轨使用埋伏计，诱导攻击徐逵之，徐逵之遇埋伏而阵亡。王允之和沈渊子赴往援助，亦皆战死。独独蒯恩却持重不动，全军退还。
刘裕闻报大怒，自率诸将渡江。鲁轨与司马文思，统领士兵四万人，夹江为守，列阵峭岸。岸高数丈，刘裕军队莫敢上登，彼此相觑。
刘裕怒不可遏，自披甲胄，突前作跳跃状。诸将苦谏不从，主簿谢晦将刘裕掖住，气得刘裕头筋暴涨，瞋目扬须，拔剑指着谢晦道：“汝再阻我，我将杀汝！”想是为女婿被杀，因而导致如此。
谢晦从容说道：“天下可无晦，不可无公！”必欲留他篡晋耶！
刘裕尚欲上跃，将军胡藩，亟用刀头凿穿岸土，可容足指，蹑迹而上。随士兵亦稍稍登岸，直前力战，鲁轨兵众少却。
刘裕麾军登上陆地，用着大刀阔斧，奋杀过去，鲁轨与司马文思，立即败溃。一走一追，直抵江陵城下。
司马休之与鲁宗之、韩延之等人，弃城皆走，独鲁轨退保石城。
刘裕令阆中侯赵伦之，参军沈林子攻打鲁轨，另外派内史王镇恶，领舟师追司马休之等。
司马休之听闻石城被攻，拟与宗之收军往援，哪知到了中途，遇轨狼狈奔来，报称石城被陷，于是相偕奔往襄阳。偏偏襄阳参军，闭门不纳，司马休之等人无可如何，俱西奔后秦。
是时，司马道赐为司马休之亲属，与裨将王猛子秘密谋划刺死青冀二州刺史刘敬宣，响应司马休之。刘敬宣府吏，即时起兵攻打司马道赐，把他击毙，连王猛子亦砍作肉泥。青、冀二州，仍然平定。
刘裕奏凯班师，朝廷下诏仍然加封刘裕为太傅扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。
刘裕仍然固辞太傅州牧之位，余暂受命。晋朝廷嗣又加刘裕领平北将军，都督南秦，凡二十二州，没多久且晋封中外大都督。刘裕长子刘义符为兖州刺史，兼豫章公，三子刘义隆为北彭城县公，其弟刘道怜为荆州刺史。
刘裕因后秦屡纳逋逃，决意声讨。后秦自姚苌僭位，传子姚兴，灭前秦，降后凉，在位二十二年，颇号强盛。姚兴死，而其长子姚泓嗣位，骨肉相争，关中扰乱。
刘裕乘机西征，加领征西将军，兼司、豫二州刺史，长子刘义符为中军将军，监留府事。刘穆之为左仆射，领监军中军二府军司，入居东府，总摄内外。司马徐羡之为副。左将军朱龄石守卫殿省。徐州刺史刘怀慎守卫京师。
刘裕将要启行，分诸军为数，说道：龙骧将军王镇恶，冠军将军檀道济，自淮淝向许洛；新野太守朱超石，宁朔将军胡藩趋阳城；振武将军沈田子，建威将军傅弘之趋武关；建武将军沈林子，彭城内史刘遵考，率水军出石门，自汴达河。又命冀州刺史王仲德为征虏将军，督领前锋，开巨野入河。
刘穆之对王镇恶说道：“刘公委卿伐秦，卿宜勉力，毋负所委！”
王镇恶说道：“我不克关中，誓不复济江！”当下各队出都，依次西进。刘裕在后督军，亦即出发，浩浩荡荡，行达彭城。
王镇恶和檀道济驰入后秦地境，所向皆是捷报。秦将王苟生、举漆邱城降王镇恶，刺史姚掌，举项城投降檀道济。诸屯守俱望风款附，惟独新蔡太守董遵守城不下。檀道济一鼓入城，将董遵擒住，立刻命人将其斩首。
然后进克许昌，又捉获秦颍川太守姚垣，及大将杨业。
沈林子自汴入河，襄邑人董神虎过来投降，沈林子进拔仓垣，收降秦刺史韦华。董神虎擅自返回襄邑，为沈林子所杀。
王仲德水军渡河，道过滑台，滑台为北魏的属地，守吏尉建庸懦，还道是晋军来攻，即而弃城往北遁走。
王仲德入滑台，宣言道：“我军已预备布帛七万匹，假道北魏，不意北魏守将，弃城遽去，我所以入城安民，大众不必惊惶，我将自退。”
魏主拓拔嗣接得军报，立刻命令部将叔孙建、公孙表等，自河内向枋头，引兵济河。途中遇到尉建还奔，将他捆缚至滑台城下，投尸河中，仰呼城上晋兵，问他何故侵轶？
王仲德使人答语道：“刘太尉遣王征虏将军，自河入洛，清扫山陵，并未敢侵掠魏境，魏守将自弃滑台，剩得一座空城，王征虏借城息兵，秋毫无犯，不日即当西去，晋魏和好，始终守约，幸勿误会！”
叔孙建也无词可驳，遣人飞书传报给魏主。魏主拓拔嗣又令叔孙建致书于刘裕，刘裕婉辞致复道：“洛阳为我朝旧都，山陵俱在，今为西羌所据，几至陵寝成墟。且我朝罪犯，均由羌人收纳，使为我患。我朝因发兵西讨。欲向贵国假道，想贵国好恶从同，断不致有违言。滑台一军，自当令彼西引，愿贵国勿忧！”远交近攻，却是要着。
魏主拓拔嗣乃令叔孙建等按兵不动，俟得王仲德退去，然后收复滑台。
晋将军檀道济领兵前驱，连连攻下秦阳、荣阳二城，直接抵达成皋。秦征南将军陈留公姚洸屯驻洛阳，忙向关中求救。后秦君主姚泓派遣武卫将军姚益男，越骑校尉阎生，合兵万三千人，前往援助洛阳。又令并州牧姚懿，南屯陕津，遥作声援。
姚益男等尚未到洛，晋军已降服成皋，进攻柏谷。秦将军赵玄，在洸麾下，先劝姚洸据险固守，静待援兵。偏司马姚禹，暗向晋军输款，催促姚洸发兵出战。姚洸即派遣赵玄率领士兵千余人，南出柏谷坞，迎击晋军。
赵玄泣语对姚洸说道：“赵玄受三主重恩，有死无二，但明公误信谗言，必致后悔！”